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PLBD: 蛋白質-配體結合數據庫

欄目:最新研究動態 發布時間:2023-09-07
PLBD描述了與共晶結構結合的熱力學參數,這將有助于用于治療目的的新型化合物的計算機設計......

       PLBD包含描述蛋白質-小分子化合物(配體)相互作用的熱力學和動力學數據。熱力學參數不僅包括親和力,還包括結合標準焓的變化。相互作用的化合物是多種多樣的,但通常通過藥效基團相關,該藥效基團控制與一系列高度相關的蛋白質、同工酶或突變體的相互作用。PLBD主要研究兩類蛋白質,人類Carbonic Anhydrase和熱休克蛋白。
       該數據庫旨在成為科學家尋找和存儲蛋白質-配體相互作用的熱力學、動力學和結構參數的通用平臺。PLBD描述了與共晶結構結合的熱力學參數,這將有助于用于治療目的的新型化合物的計算機設計。
       https://plbd.org/db/



       從數據庫結構上講,PLBD由數據表(樣本、實驗和其他)和視圖組成。視圖顯示從主數據表派生的計算參數和其他信息。如下圖所示,箭頭表示結構數據單元之間信息交換的方向。

  • Protein- Compound

       第一組表格描述了化合物和重組蛋白。關于蛋白質和化合物的信息在與其對應批次的單獨表格中列出


       點擊“Protein”跳轉至詳情頁,展示包括蛋白ID、來源樣本、蛋白氨基酸序列在內的信息:


       點擊“Protein label”跳轉至特定蛋白詳情頁:

  • Experimental

       實驗表以多對一的方式與批次表相關,批次表也與蛋白質和化合物表呈多對一關系,這意味著每個結合實驗將與單個批次的蛋白質和配體相關。


       點擊實驗中的任意一項實驗,跳轉至詳情頁:

  • intrinsic parameters

       這組表格包含蛋白質與化合物(配體)相互作用的熱力學和動力學數據。


       根據用于確定特定相互作用的技術,實驗測量的參數列在單獨的表格中:TSA、ITC、SFA和SPR。除此之外,數據庫還包含蛋白質和配體質子化參數表(pKa和?Ha)。






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