RNA m6A甲基化修飾哺乳動物RNA最主要的化學修飾方式,修飾大約60%的RNA,目前發現microRNA,circRNA, rRNA, tRNA和snoRNA上都有發生m6A修飾。研究發現m6A在腫瘤發生發展和耐藥中發揮重要作用。今天我們講一篇關于IGF2BP2是否可以通過m6A修飾lncRNA的表達,導致胰腺癌中癌癥干細胞(CSC)的自我更新的文章。文章題名為:IGF2BP2 regulates DANCR by serving as an N6-methyladenosine reader,發表于cell death and differentiation期刊,影響因子10.717。
IHC染色確定了IGF2BP2在胰腺癌組織中高表達,并且顯著降低患者生存期。cBioPortal數據庫顯示,高水平的IGF2BP2與不良的總生存率(OS)顯著相關,與Kaplan–Meier數據庫分析結果一致。這些結果突出了IGF2BP2在胰腺癌中的臨床意義。
在BXPC-3和SW1990細胞中過表達IGF2BP2,發現IGF2BP2促進了細胞增殖。相比之下,IGF2BP2敲低減少了BXPC-3細胞的增殖。在BXPC-3細胞中敲除了IGF2BP2,IGF2BP2 KO導致細胞增殖顯著降低。在IGF2BP2敲除細胞中過表達IGF2BP2重新表達恢復了細胞增殖能力。并且IGF2BP2 KO導致與干性相關的基因下調。
IGF2BP2敲低細胞中使用RT-PCR lncRNA profiler進行了分析,發現與對照相比,幾個lncRNA表達被調控。包括DANCR,在IGF2BP2敲低細胞中降低了約40%。IGF2BP2過表達上調DANCR,IGF2BP2 KO抑制了DANCR表達。由于DANCR可以促進癌癥干性,所以DANCR作為下一部研究對象。在BXPC-3和SW1990細胞中過表達DANCR。CCK8分析表明DANCR的過表達促進了細胞增殖并增加了腫瘤成球能力。qRT-PCR檢測到,干性相關的基因(OCT4,NANOG,BMI1,CD24和CD133)在DANCR過表達中表達顯著上調。FACS分析檢測到CD24 +和CD133 +細胞群明顯上調。
與載體對照相比,BXPC-3細胞中的DANCR過表達顯著提高了腫瘤的生長速度和腫瘤的大小。DANCR KO抑制了腫瘤生長和腫瘤大小。在該原位模型中,DANCR KO對腫瘤生長的抑制作用甚至比皮下注射的抑制作用更大。
RIP分析顯示,與IgG對照相比,IGF2BP2顯著富集DANCR。RNA pulldown+WB顯示IGF2BP2與DANCR結合。 actinomycin D 處理后發現,GF2BP2-siRNA處理的細胞中,DANCR衰變比對照siRNA處理的細胞快。IGF2BP2 KO還引起了DANCR RNA更快的衰變,表明IGF2BP2可以提高DANCR RNA的穩定性。IGF2BP家族參與RNA甲基化途徑并起RNA穩定劑的作用,為了確定DANCR是否受到RNA甲基化(m6A)的影響,從而使甲基化的DANCR被IGF2BP2識別,我們使用m6A抗體進行了RIP分析,并確定DANCR的富集程度是IgG對照的6倍。RNA pulldown+WB驗證了這一結果,檢查DANCR序列,我們在664號核苷酸處發現了一個潛在的m6A基序,突變后m6A水平顯著降低。這些結果表明,與許多其他mRNA一樣,DANCR也可以在m6A處被甲基化。IGF2BP2用作甲基化DANCR的閱讀器,以增加其穩定性。
研究發現胰腺癌中IGF2BP2的上調與不良的臨床預后相關。IGF2BP2與DANCR共同起作用以調節其穩定性。在腫瘤細胞中,IGF2BP2上調,這增加了IGF2PB2與DANCR相互作用并使其穩定的機會,尤其是當RNA甲基化機制失調時。在腫瘤細胞中,IGF2BP2上調,這增加了IGF2PB2與DANCR相互作用并使其穩定的機會,尤其是當RNA甲基化機制失調時。