染色質免疫共沉淀

研究蛋白質與DNA在染色質環境下的相互作用是闡明真核生物基因表達機制的基本途徑。染色質免疫沉淀技術（chromatin immunoprecipitation assay, CHIP）是目前唯一研究體內DNA與蛋白質相互作用的方法。它的基本原理是在活細胞狀態下固定蛋白質－DNA復合物，并將其隨機切斷為一定長度范圍內的染色質小片段，然后通過免疫學方法沉淀此復合體，特異性地富集目的蛋白結合的DN***段，通過對目的片斷的純化與檢測，從而獲得蛋白質與DNA相互作用的信息。CHIP不僅可以檢測體內反式因子與DNA的動態作用，還可以用來研究組蛋白的各種共價修飾與基因表達的關系。

ChIP實驗操作流程：
1、樣品準備與交聯
細胞收集后，用1%的formaldehyde處理細胞，交聯核酸與DNA結合蛋白；
2.超聲打斷染色質
裂解細胞，用超聲波將染色質超聲破碎成200－1000bp片斷；將片段分為兩份，一份用于免疫共沉淀，一份用于對照。
　　　 　
                                

     圖1染色質免疫共沉淀實驗流程           圖2　超聲破碎后DNA電泳圖（lane2） 

3、免疫共沉淀(IP)
取B步驟所得一份片斷與ChIP特異抗體結合進行免疫共沉淀，利用免疫磁珠法富集抗體復合物。
4、解交聯及純化DNA
將富集的DNA/蛋白復合物解交聯釋放DNA片段，并進行純化（IP DNA）；B步驟所得用于對照（Input DNA）的片斷作不進行IP實驗，但也要解交聯并純化。
5、DNA段PCR擴增
針對ChIP DNA, Input DNA及對照DNA的目的片段設計特異性引物并進行熒光定量PCR擴增。
 6、結果分析
%Input=2(CtInput-CtChIP)×Fd×100%
Fold Enrichment = [%(ChIP/Input)] / [%( Negative control/Input)]