CenhANCER：初級(jí)組織和細(xì)胞系的綜合癌癥增強(qiáng)子數(shù)據(jù)庫(kù)
欄目：最新研究動(dòng)態(tài)
發(fā)布時(shí)間：2023-08-15
增強(qiáng)子是重要的致瘤因子，在癌癥的分型、診斷和治療中有著廣泛的應(yīng)用，在癌癥研究中受到越來越多的關(guān)注......
增強(qiáng)子是重要的致瘤因子，在癌癥的分型、診斷和治療中有著廣泛的應(yīng)用，在癌癥研究中受到越來越多的關(guān)注。然而，由于缺乏綜合數(shù)據(jù)資源，尤其是來自腫瘤原發(fā)組織的數(shù)據(jù)資源，癌癥增強(qiáng)劑的系統(tǒng)分析面臨挑戰(zhàn)。
CenhANCER，包括來自41種癌癥類型的805個(gè)初級(jí)組織樣本和671個(gè)細(xì)胞系樣本的所有公共H3K27ac ChIP-Seq數(shù)據(jù)。總共57 029 408種典型的增強(qiáng)子，978 411種超級(jí)增強(qiáng)子和226種 鑒定出726個(gè)富集的轉(zhuǎn)錄因子。該數(shù)據(jù)庫(kù)用染色質(zhì)可及性區(qū)域、癌癥表達(dá)定量性狀位點(diǎn)（eQTL）、基因型組織表達(dá)eQTLs和全基因組關(guān)聯(lián)研究風(fēng)險(xiǎn)單核苷酸多態(tài)性（SNPs）對(duì)超增強(qiáng)子進(jìn)行注釋，以進(jìn)行進(jìn)一步的功能分析。
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用戶可以瀏覽數(shù)據(jù)庫(kù)中的所有樣本。側(cè)欄中提供了樣本來源類型和癌癥類型的過濾條件。
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該頁(yè)面提供了一些樣本信息，如超級(jí)增強(qiáng)器編號(hào)、輸入樣本和相鄰樣本的GSM id。統(tǒng)計(jì)了超級(jí)增強(qiáng)子和增強(qiáng)子在染色體上的分布，并顯示了在該樣品中鑒定的超級(jí)增強(qiáng)子和轉(zhuǎn)錄因子。
SuperEnhancer
在此模塊中，用戶可以通過兩種方式搜索癌癥類型中的超級(jí)增強(qiáng)器：左側(cè)面板提供了對(duì)基因的搜索；在右側(cè)面板中，用戶可以指定要搜索的區(qū)域。
TypicalEnhancer
在這個(gè)搜索模塊中，統(tǒng)計(jì)了不同癌癥類型中所有樣本的典型增強(qiáng)子，并提供了該癌癥類型中每個(gè)增強(qiáng)子的出現(xiàn)次數(shù)。
用戶可以通過指定癌癥類型、樣本來源、染色體位置或基因名來進(jìn)行搜索。
TranscriptionFactor
在這個(gè)搜索模塊中，識(shí)別了每個(gè)樣本中可能的轉(zhuǎn)錄因子，并統(tǒng)計(jì)了它們?cè)跇颖局械陌l(fā)生率。
用戶可以通過指定癌癥類型、基因名來進(jìn)行搜索。