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       高度復雜生物過程，例如神經系統發育、糖尿病和癌癥等疾病的進展，由于組織的異質細胞性質和細胞之間的復雜相互作用，研究起來極具挑戰性。然而，組織內細胞的空間分布與其功能和譜系軌跡呈正相關。因此，了解組織的空間組織和細胞之間的進化關系對于捕捉發育過程的不同步驟和疾病的完整畫像至關重要。最近空間組學技術的快速發展和采用加速了我們對這些基本過程的理解。空間組學是一種快速發展的方法，通過將空間知識與轉錄本或蛋白質表達信息相結合來探索組織微環境和細胞網絡。
        最近，澳門大學團隊發布了一個空間組學數據的綜合平臺——Aquila（https://aquila.cheunglab.org），該數據相關文章發表在Nucleic Acids Res期刊（IF:19.160）。

       Aquila支持所有類型的空間組分數據，包括轉錄組和蛋白質組，2D和3D，以及來自不同技術的數據。Aquila目前擁有來自15種技術的107個數據集，擁有1570萬個細胞。Aquila為用戶提供多種格式的空間組學數據可視化，如細胞圖、表達圖和標記物的共同定位。用戶還可以輕松地檢索任何數據集，并直接在同一瀏覽器中運行一系列集成分析，包括通常需要編碼技能的高級空間分析。此外，用戶可以向Aquila提交自己的空間組學數據，并執行與數據庫中發現的數據集相同的分析。我們通過在本地存儲所有用戶數據集而不將其上傳到遠程服務器來解決數據隱私問題。最后，Aquila也可以通過漸進式web應用程序標準作為單獨的應用程序安裝在桌面上。

查詢和選擇數據
       要查詢和選擇數據集，用戶必須首先單擊主頁上的“瀏覽”按鈕，這會將他們定向到“數據集”頁面。每張卡片都突出顯示了數據集的基本信息，包括物種、組織、疾病、技術、分子、數據集的統計數據和相關出版物。Aquila在同一頁面上有一個強大的過濾面板，可以幫助用戶更快地查找他們感興趣的數據集。用戶可以根據物種、技術、組織或疾病等多種條件選擇數據集。他們還可以通過對任何關鍵字運行模糊搜索來查找數據集。還支持按基因名稱（不區分大小寫）搜索數據集。縮小搜索范圍后，用戶可以按出版物名稱、年份或細胞/ROI/基因的數量按升序或降序對過濾后的數據集進行排序。Aquila還支持從“出版物”頁面查看數據集，因為每個出版物可能包含多個數據集。用戶找到感興趣的數據集后，可以通過選擇“查看”按鈕來詳細探索它。進入數據詳情頁后，用戶還可以通過功能豐富的數據表選擇查看每個數據集中的不同ROI。默認值將顯示數據集中的第一個 ROI。

可視化空間地圖
       空間地圖以 2D 或 3D 形式顯示，具體取決于數據集。用戶可以通過選擇他們想要在 ROI 預覽面板中查看的一個或多個 ROI 來獲取數據集的一般概述。然后，他們可以從 ROI 預覽面板中一次選擇一個 ROI，以便獲取其他詳細信息。用戶選擇 ROI 后，可以通過在“單元格映射”、“表達式映射”和“標記的協同定位”之間切換來查看 ROI 的不同內容。“細胞圖”向用戶顯示ROI中不同細胞類型的空間分布。“單元格映射”還包含有關ROI的一般信息，包括維度（最小邊界框）和單元格數量。至于“表達式映射”，此選項允許用戶查看單個標記的空間表達式。用戶可以使用下拉菜單選擇或搜索他們感興趣的標記。可以一次查看多個表達式映射，因此用戶可以比較不同標記的空間表達式模式。用戶可以單擊 ROI 以獲得更大的視圖。所選標記的表達分布的量化也在“表達圖”下提供。最后，通過選擇“標記物的共定位”，用戶可以查看細胞中多個標記物的表達，類似于免疫熒光和熒光原位雜交分析。用戶最多可以選擇兩到五個標記，為每個標記分配不同的顏色，以查看其表達式是否共定位。所有空間地圖都允許用戶調整點大小和畫布大小，并放大和縮小以檢查不同分辨率的組織結構。Aquila 中顯示的所有可視化都可以下載為 PNG。

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