動物微生物組包括細菌、病毒、真菌、古細菌和原生動物，它們幾乎在動物的所有身體部位定植，并在動物宿主的健康、疾病、生長、發(fā)育和性狀中發(fā)揮重要作用。近年來，動物宏基因組數(shù)據(jù)集（包括擴增子和宏基因組測序數(shù)據(jù)集）的數(shù)量迅速增加。隨著高通量測序技術的快速發(fā)展，微生物組學進入蓬勃發(fā)展時期，助力解決動物健康與疾病的診斷、治療、預防等一系列生命科學領域的重要科學難題。面對科學數(shù)據(jù)的爆炸式增長，亟需建立以動物宏微生物組為核心的開放數(shù)據(jù)庫，以存儲世界范圍內的組學研究數(shù)據(jù)，推動微生物組學基礎研究和實際轉化應用的快速發(fā)展。

      最近，石河子大學生命科學院團隊發(fā)布了一個綜合性的微生物組數(shù)據(jù)庫——CRAMdb（http://www.ehbio.com/CRAMdb），該數(shù)據(jù)相關文章發(fā)表在Nucleic Acids Res期刊（IF:19.160）。CRAMdb是非人類動物精選和一致注釋宏基因組的綜合資源。它側重于微生物組在各種動物物種中的組成和作用。CRAMdb的主要目標是促進動物宏基因組數(shù)據(jù)的重用，并實現(xiàn)跨宿主和跨表型比較。

      CRAMdb數(shù)據(jù)庫特別關注動物微生物組成和微生物群與動物各種表型之間的關聯(lián)性。整理和分析了世界范圍內516種動物、43種表型和475個項目的微生物組數(shù)據(jù)集，包含9430種細菌、278種古細菌、2216種真菌和458種病毒等共計12382種微生物。CRAMdb數(shù)據(jù)庫包括兩個主要模塊內容: “微生物組成”和“微生物關聯(lián)”。

      微生物的組成旨在探索不同宿主或不同部位微生物群的分布，允許用戶跨宿主或跨樣本位點比較微生物的相對豐度和流行度的差異。
      微生物關聯(lián)旨在揭示微生物群在不同表型中的作用，用戶可獲得兩種表型之間具有統(tǒng)計學差異的關聯(lián)微生物，同時可以進行關聯(lián)微生物的跨表型比較。

      CRAMdb是一個包含與動物相關的細菌、古細菌、真菌和病毒數(shù)據(jù)的綜合數(shù)據(jù)庫，用于探索各種動物物種中微生物的組成和作用，將有助于生物學家從微生物的角度入手，審視動物宿主的性狀，選擇具有潛在重要作用的微生物開展深入分析和功能驗證，為動物健康監(jiān)測、疾病早期診斷、生產(chǎn)性能提升等方面研究提供重要數(shù)據(jù)支持。例如，利用微生物名稱，用戶能快速獲得不同宿主和樣本位點下的相對豐度和流行度、相關聯(lián)的表型和對應的豐度變化；利用動物名稱，用戶能夠快速獲得融合多數(shù)據(jù)集的微生物組成、多表型之間具有統(tǒng)計學差異的關聯(lián)微生物；利用表型名稱，用戶能快速獲得多物種多數(shù)據(jù)集下的關聯(lián)微生物并進行比較分析。