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RABC:類風濕性關節炎生物信息學中心

欄目:最新研究動態 發布時間:2023-07-06
RABC數據庫對分散的RA數據進行收集和分類,使用統一的標準化管道處理多組學數據,并對用戶提供數據可視化......


類風濕性關節炎(RA)是一種典型的自身免疫性疾病,影響全球約0.24%1%的人口。RA患者的炎癥反應會導致關節疼痛,腫脹,僵硬和功能喪失,如果不及時治療,可能導致嚴重殘疾。因此,RA給患者帶來嚴重不便,并給社會帶來巨大負擔。隨著測序技術的發展,RA的海量數據層出不窮,涉及轉錄組、表觀基因組、基因組、蛋白質組等。這些數據可以評估當前數據分析方法的可重復性,并為解決各種與RA相關的生物學問題提供實質性幫助,包括識別生物標志物和探索發病機制。

最近,哈爾濱醫科大學生物信息科學與技術學院團隊發布了一個綜合性的RA生物信息數據庫——RABChttp://www.onethird-lab.com/RABC/),該數據相關文章發表在Nucleic Acids Res期刊(IF:19.160)。該數據庫對分散的RA數據進行收集和分類,使用統一的標準化管道處理多組學數據,并對用戶提供數據可視化。



RABC數據庫收集了175個多組學數據集其中140個轉錄組、22表觀基因組、8個基因組和5個蛋白質組結果,涵蓋90個樣本。RA相關的生物標志物和生物學功能中,分析標準化預處理的多組學數據,獲得175209DEG105DEM184464DMG1764KEGG途徑、30491GO術語、74334個風險SNPs、和105m6A SNPs



RABC數據庫首頁提供四個選項包括瀏覽、搜索、下載和可視化。用戶可以瀏覽模塊快速瀏覽感興趣的數據。首先,在多組學數據瀏覽界面中,用戶可以查看數據的描述信息。每個數據集的詳細信息接口不僅提供更詳細的數據描述,還提供原始數據、預處理矩陣數據和分析結果。瀏覽模塊還支持查看差異分析的結果和基因表達數據的基因表達火山圖。其次,在RA相關生物標志物和生物學功能頁面上,用戶可以快速瀏覽DEGDMGDEMGO術語,KEGG途徑,風險SNP,風險eQTL,風險m6A-SNP和風險mQTLRA相關先驗知識(補充圖S15S16)和RA相關文獻的相關信息也可以在RABC瀏覽界面中瀏覽和搜索。



搜索界面支持用戶通過多種條件查詢RABC的內容,包括數據集ID、數據類型、基因名稱、PMID等。用戶可以直接從下載模塊下載生物標志物和生物學功能文件以及先驗知識。

可視化模塊支持繪制差異表達分析的火山圖、基因表達的箱線圖、兩個基因之間相關性的散點圖、條形圖和基因表達譜分析數據集的功能富集分析氣泡圖。這些可視化功能只需要用戶選擇數據集并輸入指定的閾值或參數,就可以繪制出相應的圖形。這些圖表也可以支持下載。


 

 


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