PIWI 相互作用的 RNA (piRNA) 及其伙伴 PIWI 蛋白保護動物種系免受轉座因子的侵害，并在生育能力中發揮關鍵作用。過去的大量研究揭示了 piRNA 通路的許多附加功能，主要用于調節一系列靶序列，包括轉座因子、蛋白質編碼基因和長鏈非編碼 RNA。這些靶標可以在轉錄水平和轉錄后進行調節，并且通過 piRNAs 的序列互補性來識別，piRNAs 將其相關的 PIWI 蛋白引導至其目的地。雖然在脊椎動物中 PIWI/piRNA 途徑主要局限于生殖系，但在節肢動物和軟體動物等無脊椎動物群中，piRNA 還普遍存在于體細胞組織中。

產生 piRNA 的基因座，稱為 piRNA 簇，被認為位于 PIWI 通路的中心。這些基因座從一條或兩條 DNA 鏈轉錄成大的前體 RNA，當它們加載到 PIWI 蛋白上時，它們又被加工成 23-31 nt的成熟 piRNA。在迄今為止研究的所有物種中，piRNA 簇進化迅速，在進化時間尺度上出現和消失的速度相當快，在序列水平上呈中性進化。因此，每個物種都有一組獨特的 piRNA 簇，在譜系之間共享不同數量的同源簇。piRNA 簇在物種內高度分化，在體細胞piRNA 簇在不同組織中表現出不同的表達水平。

近期，德國研究團隊建了一個piRNA 簇數據庫：piRNAclusterDB 2.0（https://www.smallrnagroup.uni-mainz.de/piRNAclusterDB），該數據庫相關文章刊登在Nucleic Acids Research期刊（IF=16.971），題名為piRNAclusterDB 2.0: update and expansion of the piRNA cluster database。該數據庫收集了51 個物種的 >350 個SRA數據集，總共包含 >15 000 個 piRNA 簇。其中包括軟體動物、節肢動物、魚類、兩棲動物、爬行動物、鳥類和哺乳動物。

界面的主要入口點是物種選擇器，它表示為一個交互式系統發育樹，包含有關分類學、piRNA 簇數和簇 piRNA 序列總量的附加信息。還提供了指向我們分析中使用的相應基因組組裝數據的鏈接，包括基因組、基因集 (GFF) 和重復掩碼文件。染色體上 piRNA 簇位置的圖形表示與每個物種中 piRNA 簇的數量相關聯。此外，我們還提供了與數據庫的小 RNA (sRNA) 數據集相關的所有出版物的完整列表，包括 PubMed ID 和直接鏈接。

選擇物種后，用戶在瀏覽器中沿著所選物種的所有數據集瀏覽產生 piRNA 的基因座。可用基因座在列表中提供，并帶有可選擇的 piRNA 簇 ID，其中包含有關位置、大小。最后，可以單獨選擇和取消選擇每個 SRA 數據集，以生成跨不同數據集、組織或發育階段的 piRNA 簇表達的自定義視圖。

數據庫的第三部分詳細分析了來自選定物種的每個 SRA 數據集的處理、過濾、映射和注釋的 sRNA 讀數，這些數據由 unitas生成。SRA 數據集可從一個列表中選擇，該列表包括有關來源組織、讀取次數和相關出版物的 PubMed ID 的信息。對于每種帶注釋的 RNA 類型，例如 miRNA、rRNA、tRNA 衍生的 sRNA、lncRNA、mRNA 等。此外，還為總 sRNA 讀數和 piRNA 讀數提供了關于讀數組成、長度分布、位置核苷酸組成和乒乓簽名的圖形輸出，從而可以深入了解每個 SRA 數據集的 sRNA 構成以及 piRNA 對總讀取池。