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CancerSEA:癌癥單細胞狀態圖譜數據庫

欄目:最新研究動態 發布時間:2021-11-23
該數據庫收集了72個單細胞數據集,共計25種人類癌癥的41900個癌癥單細胞,提供了這14種癌癥相關功能狀態......

人類癌癥是一種高度多樣化和復雜的疾病,由具有不同遺傳、表觀遺傳和轉錄狀態的癌細胞組成,形成異質功能的癌細胞群,這是癌癥診斷和治療的主要障礙。例如,一些癌細胞具有高增殖活性,一些具有腫瘤侵襲性和轉移能力,一些表現出干細胞樣特性,而一些表現出“惰性”靜止狀態。這些功能異質的癌細胞在整個腫瘤進化過程中協同或競爭作用,導致不同的腫瘤表型。因此,全面、充分地了解癌細胞的功能狀態至關重要。

癌細胞的高功能異質性對癌癥研究提出了重大挑戰。單細胞測序技術為以單細胞分辨率破譯癌細胞的不同功能狀態提供了前所未有的機會,并且癌癥 scRNA-seq 數據集已經大量積累。這強調了建立專用資源來解碼癌癥單細胞功能狀態的迫切需要。因此,哈爾濱醫科大學的肖云老師和他的團隊開發了CancerSEA數據庫,旨在全面解碼癌細胞在單細胞水平上的不同功能狀態。該數據庫相關文章刊登在Nucleic Acids Research期刊(IF=16.972)。

該數據庫包含25種人類癌癥中的41 900個癌癥單細胞,其中包括14種癌癥相關功能狀態。通過描述每個癌細胞的這些功能狀態活動,CancerSEA提供了一個癌癥單細胞功能狀態圖譜,并將蛋白質編碼基因(PCG)和lncRNAs與這些單細胞水平的功能狀態相關聯,以促進對癌細胞功能差異的機理理解。

首頁如下圖所示,首先就是腫瘤細胞不同狀態,14種功能狀態分別為干性、侵襲、轉移、增殖、EMT、血管生成、凋亡、細胞周期、分化、DNA損傷、DNA修復、缺氧、炎癥和靜止)。該數據庫收集了72個單細胞數據集,共計25種人類癌癥的41900個癌癥單細胞,提供了這14種癌癥相關功能狀態在不同癌癥的單細胞功能狀態的圖譜,并在單細胞水平上將這些功能狀態與18895條蛋白編碼基因(PCGs)15571lncRNA關聯起來。




可以通過搜索界面探索自己感興趣的基因,搜索基因后會顯示顯示查詢的基因在不同癌癥中跨14個狀態的相關性,作為一個總覽圖,它既體現了基因在同一種癌癥中對不同狀態的促進和抑制作用,又體現了基因在同種狀態中對不同癌癥的影響。查詢基因與某一癌癥功能相關性,可以選擇某一癌癥進行基因與癌癥相關性的分析,熱圖顯示該基因與14種細胞功能相關性。還可以顯示不同細胞亞群中的功能相關性。盒形圖顯示了用戶選擇的數據集細胞中基因或基因列表的表達分布情況。

 

 

 

 

 


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