胰腺導管腺癌相關的隔室特異性lncRNA的綜合分析(Arnes, Liu et al. 2018)

胰腺導管腺癌是一種高度轉移的，且治療方法有限的疾病。基因組和轉錄組層面的分析已經鑒定出相關的信號通路和驅動基因，并衍生出相應的治療方法。但是這些研究都是針對大量樣本，主要集中在對只占基因組很小部分的蛋白編碼基因的分析。因此，作者研發出一套計算方法，可以從RNA-Seq數據中重構建非編碼基因轉錄本，整合分析體細胞拷貝數目的變化，以及與胰腺導管腺癌風險性相關的共同種系變異。作者在配對的激光捕獲顯微切割的人胰腺癌的上皮細胞和基質細胞的RNA-Seq數據中驗證了這種計算方法，并對隔室特異的基因進行了注釋。進一步地，作者采用系統的和實驗生物學的方法研究發現胰腺導管腺癌中與遺傳特征和臨床效果相關的lncRNA的功能，發現了一類胰腺導管腺癌相關的lncRNA。然后作者通過生物學和臨床意義界定了這些lncRNA的分子亞型。RNA-Seq篩選出富集于隔室（上皮細胞或基質細胞）的lncRNA，結合體細胞拷貝數目的變化和單核苷酸多態性挑選出目的lncRNA。系統生物學和實驗功能分析發現2個上表皮細胞的lncRNA（LINC00673和FAM83H-AS1）可能調控胰腺癌組織樣本和胰腺癌細胞系中的轉錄模式。

研究路線圖：

研究結果：

圖1 胰腺導管腺癌中lncRNA和分子亞型的鑒定

圖2 有胰腺癌基因組風險的lncRNA的鑒定，以及這些lncRNA在上皮細胞和基質細胞中的表達情況

圖3 lncRNAFAM83H-AS1調控胰腺癌細胞系Aspc1細胞中的轉錄圖譜

圖4 lncRNALINC00673調控胰腺癌細胞中的轉錄圖譜，并為維持上皮細胞特性所必須的影響因子

圖5瞬時抑制lncRNALINC00673的表達導致上皮細胞標志物缺失以及上皮細胞向間充質細胞轉換